En la espiritualidad ignaciana, la estructura de la oración se divide en cinco partes:

1. a) Colocarse en la presencia de Dios. Es calmarse delante de Dios. Es un requisito esencial porque, ordinariamente, es muy difícil pasar de las ocupaciones y preocupaciones, de las distracciones cotidianas a la oración, sin aquietarse antes, recogerse, callar por un rato.

1. b) La oración de petición (¿qué gracia se va a pedir?). Es el momento de la verdad antes de entrar a la oración al preguntar lo que realmente deseo. Además, pedir es ponerse en estado de recibir (la creatura frente al Creador, la persona frente a Dios), y, por ello, es un acto profundo de fe y de confianza en el Señor reconociendo que todo es don; pedir aclara los deseos más profundos e implica poner en orden los propios deseos.  En el Evangelio, Jesús aparece varias veces preguntando ¿Qué quieres que haga por ti?

1. c) El tiempo de la oración misma (la meditación o la contemplación). No se trata de hablar sobre Dios sino de hablar con Dios, o mejor dicho ponerse en actitud de escuchar. Es prestar atención a lo que pasa en mí.  Es dejar un espacio para que Jesús ora al Padre a través de mi vida.d) El coloquio. Es el tiempo de entablar una relación privilegiada de conversación con el Padre, Jesús, el Espíritu o la Virgen. A veces se cae en un teísmo (un Dios impersonal) y no se acude a un Dios Trinitario que es una comunidad de Personas con las cuales se está invitado a entablar una relación interpersonal.

1. e) El examen de la oración. La oración implica lo que uno hace y lo que en uno se hace; por ello, es importante detectar los movimientos interiores que se han producidos. Suele ayudar mucho anotar lo que se descubre no tan sólo a nivel de ideas sino muy especialmente a nivel de afectividad y las mociones del espíritu.  (¿Qué pasó durante el tiempo de la oración? ¿Qué fue lo que más me dio vuelta o cuál fue el sentimiento predominante? ¿Cuál es el estado de ánimo? ¿Qué quiere decir el Señor? ¿Tuve alguna dificultad o alguna angustia? ¿Qué me produjo paz y alegría?)

La metodología ignaciana de la oración no se limita a un simple entender y comprender, sino que se enfatiza el sentir y gustar internamente.  “En efecto”, nos dice Ignacio, “no es el saber mucho lo que sacia y satisface el alma, más el sentir y gustar las cosas internamente” (Anotación N^o 2).  La oración no es tanto la búsqueda de novedades cuanto la novedad de ir profundizando lo conocido.

Este es el camino de la personalización de la fe que se distingue del aprendizaje de la catequesis.  Esta pedagogía cristiana ayuda a madurar en la experiencia de la fe.  Por ello, Ignacio, a lo largo de los Ejercicios Espirituales, insiste una y otra vez en la necesidad y la importancia de las repeticiones en las meditaciones y las contemplaciones sugeridas.